Situé à une quarantaine de kilomètres au nord d’Assouan, au cœur d’un important bassin agricole, le temple de Kôm-Ombo a remplacé, à l’époque ptolémaïque, un ancien sanctuaire de dimensions moindres (blocs d’un Sésostris, d’Aménophis I, d’Hatchepsout, de Thoutmosis III et de Ramsès II).
Il se dresse au sommet d’une colline, le long du fleuve qui, par érosion, a fait disparaître plusieurs installations annexes. De façon fort originale, le temple de Kôm-Ombo est un temple double, dédié à deux triades distinctes ; l’une est dirigée par le dieu-faucon Haroëris (Horus l’Ancien), l’autre par le dieu-crocodile Sobek ; le jeu complexe des portes permettait de les isoler ou de les associer selon les nécessités du culte. À l’arrière du pylône, dont il ne reste que quelques assises, une vaste cour donnait accès à deux salles hypostyles : le pronaos et la salle d’apparition ; puis trois autres salles conduisent vers le double sanctuaire. Outre les cartouches des souverains lagides, on note ceux d’empereurs romains, dont Macrin et Diaduménien (217). Une scène gravée sur le mur d’enceinte est unique : entre le roi agenouillé et le dieu est figurée une sorte d’armoire contenant des instruments de chirurgie. À l’avant du temple se trouvait un mammisi (temple de la Naissance), œuvre de Ptolémée Évergète II, qui a été en grande partie emporté par le Nil. La chapelle d’Hathor est mieux conservée ; selon une inscription en grec, elle fut décorée sous l’empereur Domitien par dame Petronia et ses enfants, en l’honneur d’Aphrodite ; on y trouve aujourd’hui entreposées des momies de crocodiles provenant de la sépulture de ces animaux sacrés située à un kilomètre au sud du temple.